مدل سازی شبکه ی متابولیکی میکروارگانیسم سودوموناس ائروجینوزا

در این مقاله یک شبکه­ی متابولیکی، در بردارنده ­ی مسیرهای متابولیکی مرکزی سودوموناس ائروجینوزا در شرایط بی ­هوازی ارایه شده است. به منظور تأیید دقت مدل، پیش بینی ­های مدل با نتیجه ­های تجربی به دست آمده از کار دیگر پژوهشگران مقایسه شده است. برای دست یابی به این مهم، از برنامه ریزی خطی برای بهینه سازی معادله ­های حاکم بر سامانه استفاده شد. تابع هدف برای بررسی درستی مدل، نرخ ویژه رشد این میکروارگانیسم بوده است. طبق پیش بینی های مدل با این تابع هدف، مسیرهای انتنردودورف و پنتوز فسفات برای فروساخت گلوکز فعال بودند. هم چنین چرخه ی تری کربوکسیلیک اسید به طورکامل انجام نمی­ شد. در صورتی که مقدارهای بهینه تولیدی کوفاکتورهای atpو nadph به عنوان تابع هدف در نظر گرفته شوند مسیر پنتوز فسفات و در صورتی که تولید بیشینه ­ی nadh مورد نظر باشد مسیر انتنردودورف مسیرفعال می ­باشد. پیش بینی­ های مدل در مقایسه با اندازه ­گیری ­های آزمایشی دارای خطای نسبی کمتر از 10 درصد بوده است. این میزان خطای کم، نشان دهنده ی قابل اعتماد بودن مدل بوده و امکان کاربرد آن را در پژوهش­های آتی فراهم می­ کند.